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                                   Oligo DNA 的分子量和摩尔数的计算方法

 

一、Oligo DNA 的分子量和摩尔数的计算方法

1、一般Oligo DNA 的分子量和摩尔数的计算方法

分子量计算公式如下

MW=(A碱基数×312)+(C碱基数×288)+(G碱基数×328)+(T碱基数×303)-61

OligoDNA的分子量也可以用以下近似方法计算: OligoDNA中的每个脱氧核苷酸碱基的平均分子量近似为324.5,则一条OligoDNA的分子量=碱基数×324.5

例:您得到一管标为5 OD260nm20mer OligoDNA

分子量=20×324.5=6490

质量数=5×33=165ug

摩尔数=165/6490=0.025umol=25nmmol

若加双蒸消毒水或TE buffer400ul溶解,则浓度为25nmol/400ul=62.5uM

这里的 OD 值是指 DNA 制品溶解在1ml无菌水中的260nm 的吸光度值。

2、含修饰的Oligo DNA的分子量和摩尔数是如何确定的?

Oligo DNA非修饰的引物的Molecular Weight在随引物提供的报告单上都有明确的标示。如果需要估计一个引物的分子量按每个碱基的平均分子量为324.5,引物的分子量=碱基数× 碱基的平均分子量。或按下列公式计算

MW= (NA ×WA) + (NC ×WC) + (NG × WG) + (NT × WT) +(Nmod ×Wmod) +(Nx×Wx+( Ni× Wi) +16×Ns– 62.

NA, NG, NC, NT, Ni分别为引物中碱基AGCTI的数量,WA, WC, WG, W, Wi分别为引物中碱基AGCTI的分子量,NmodWmod 分别为修饰基团的数目和分子量。

对于混合碱基的分子量为混合碱基的分子量总合除以混合数,例如G+A混合的分子量为(313.21+329.21/2 = 321.21Ns为硫代数目,硫代每个位置增加分子量16

3、常规碱基及常规修饰基团分子量
 

Base

Molecular Weight

Base

Molecular Weight

Base

Molecular Weight

A

313.21

5ˊ -Biotin

405.45

3ˊ-TAMARA

623.60

C

289.18

5ˊ-(6 FAM)

537.46

3ˊ-Dabsyl

498.49

G

329.21

5ˊ-HEX

744.13

3ˊ-(6 FAM)

569.46

T

304.19

5ˊ-TET

675.24

3ˊ-AminoModifier

C3 153.07

I

314.2

5ˊ-Cy5

533.63

3ˊ-AminoModifier

C7 209.18

U

290.17

5ˊ-Cy3

507.59

3ˊ-ThiolModifier

C3 154.12

S

16.00

5ˊ-NH2

179.2

3ˊ-NH2

209.2

 

 

5ˊ-ROX

659.8

3ˊ-ROX

659.8

 

 

5ˊ-digoxin

722.9

3ˊ-digoxin

722.9

 

 

5ˊ-PO4

80

3ˊ-PO4

569.5

 

 

5ˊ-JOE

666.4

3ˊ-JOE

666.4

 

二、Oligo DNATm

引物设计软件都可以给出Tm,与引物长度,碱基组成,引物使用缓冲的离子强度也有关。

长度为25mer以下的引物,Tm计算公式为:

Tm = 4(G + C)+ 2(A + T)

对于更长的寡聚核苷酸,Tm计算公式为:

Tm = 81.5 + 16.6 x Log10[Na+] + 0.41 (%GC) – 600/size
公式中,Size = 引物长度。

 最适退火温度(Ta Opt = 0.3×(Tm of primer)0.7×(Tm of product)–25

引物Tm值与PCR产物Tm值相差一般不超过30℃,一般采用较引物Tm值低5℃作为PCR退火温度。兼并碱基TM值可以折算。 

 

 

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